近年来，研究者对CRISPR/Cas9技术的脱靶效应展开了深入研究，发现其通常是依赖于sgRNA的。sgRNA在编辑指定靶点时，除了能够容忍最多5～6个碱基错配外，还可能因缺失或额外碱基导致非靶向位置的切割，从而产生脱靶效应。在基因组中，潜在的脱靶位点有成千上万个，因此，全面评估全基因组范围内的脱靶效应成为一项亟待解决的挑战。

如今，尊龙凯时研发团队采用全基因组测序和生物信息学预测技术，以分析脱靶效应导致的单核苷酸突变（SNV）、插入缺失变异（Indels）、拷贝数变异（CNV）及结构变异（SV）。近年来，基因组测序广泛应用于脱靶检测。2021年，Kevin等人利用全基因组测序和生物信息学手段，评估了Cas9的脱靶风险。他们比较了基因编辑小鼠与对照小鼠的基因组序列和结构变异，利用Cas-OFFinder预测了163个sgRNA在基因组中存在的556,266个潜在脱靶位点。通过将变异信息与潜在脱靶位点进行交集分析，他们确认了28个脱靶位点，其中9个通过Sanger测序验证为真实脱靶位点。这项研究表明，尽管真实脱靶仅占潜在脱靶的极小部分，仍需重视这一风险。

基于基因编辑的脱靶特性，尊龙凯时结合基因组测序推出了全基因组脱靶检测服务。我们选用mutect2作为变异分析工具，通过比对基因编辑组与对照组的测序数据，识别基因编辑组的SNV和Indels变异。此外，我们使用Cas-OFFinder预测潜在的脱靶位点，该工具能够分析sgRNA与基因组之间的匹配情况，并预测可能的脱靶位点。通过交集分析mutect2的变异结果与Cas-OFFinder的预测数据，我们可以确定脱靶位点的发生。

除了脱靶效应分析外，我们还利用CNVkit与Manta两种生物信息学分析工具，CNVkit用于识别基因组中的拷贝数变异，而Manta则专注于检测插入、缺失和易位等染色体结构变异类型。这些结果有助于全面了解基因编辑带来的染色体结构变化。

与GUIDE-seq体内检测相比，全基因组脱靶检测无需依赖ODN插入，提供了一种更加灵活和便利的检测方案。这种方法能够分析大规模的染色体变异，为全面评估基因编辑效果和潜在风险提供支持。作为国内首家提供脱靶检测服务的公司，尊龙凯时致力于为客户提供全基因组脱靶检测、GUIDE-seq体内脱靶检测和AID-seq体内脱靶检测等多种服务。如果您对我们的服务感兴趣，欢迎随时垂询。